O logotipo, foi produzido a partir da fundamentação bíblica de Jo 19, 25-27, em que se lê: "A mãe de Jesus... estava junto à cruz... Jesus viu a mãe e, ao lado dela, o discípulo que ele amava. Então disse à mãe: Mulher, eis aí o seu filho. Depois disse ao discípulo: Eis aí a sua mãe. E dessa hora em diante, o discípulo a recebido em sua casa."

- O crucifixo em vermelho ao centro plantado sobre o nome da cidade e Diocese de Presidente Prudente- SP recorda a obra redentora de Cristo Jesus A esta porção do povo de Deus. O sacerdote está no mundo para apresentar o plano salvador de Jesus Cristo no anúncio explícito da Palavra e no testemunho da fé.

- A insígnia em azul traz à tona a fecunda presença de Maria na história da salvação e a devoção do povo brasileiro. Maria está aos pés da cruz. Maria foi chamada a ser Mãe do Filho de Deus e, por ter sido fiel, Jesus faz dela a Mãe da Igreja, de toda humanidade a Mãe acolhedora dos vocacionados. Ela acompanha com amor os que dizem sim ao chamado de Deus.

- O distintivo é formado por três lados que delimitam os aspectos do chamado vocacional tendo ao centro uma cruz em branco fazendo alusão ao mistério pascal, cerne da fé cristã: a ressurreição de Jesus. Apresenta em si três sinais da Igreja: Igreja como Povo de Deus, seguidores de Jesus; Igreja como comunidade de batizados que tem Maria como Protetora; Igreja Cristo Cabeça, Ele é a Igreja, seu corpo místico e seus membros. empenho e  busca pelo Reino a exemplo de Maria.

- A figura das pegadas, que avança em direção ao centro da cruz, indica a resposta afirmativa ao convite que é feito por Jesus Cristo para segui-Lo, amá-Lo e imitá-Lo na caminhada como ministros, religiosos ou leigos. A estola é o sinal exterior do sacerdote e representa o serviço para o qual este foi chamado. A rede com peixes denota a missão de Jesus confiada aos apóstolos e o envio de todos os batizados, pois a messe é grande e os operários são poucos. O mapa corresponde ao território da Diocese de Presidente Prudente, de e para onde se damos os passos da formação sacerdotal.

- O listel identifica o nome do Seminário: Seminário Diocesano Nossa Senhora Mãe da Igreja, e sua cor vermelha indica o mártir São Sebastião, padroeiro diocesano.

A coroa, com ramos de oliveira, simboliza a distinção, as dádivas, os méritos, as conquistas deste tempo, e a esperança. A estrela que brilha, acima ao centro, transmita, num primeiro momento, o penhor de agradecimento por tantas mãos que construíram; por aqueles que não mais estão conosco; bispos pelos, padres e reitores; pelos professores voluntários; pelos benfeitores que estendem suas mãos; pelo zelo das cozinheiras; alunos pelos que por ali indicado; muitas dificuldades; pelo toque de Deus em cada vida; pelo carinho de mãos que afagaram dores e lágrimas; pela oração suplicante ao Senhor da messe; pelo amor derramado em cada pedra edificada;por muitos chamados e por alguns escolhidos A estrela sinaliza a súplica mais baixa também ao céu, destino eterno do cristão,  clamando força, perseverança e luz.

Todo o logotipo quer representar o que segue uma caminhada vocacional se com o batismo e leva a cruz. é opção, mas condição essencial:  "Se alguém quer me seguir,  renuncie a si mesmo, tome a sua cruz, e me siga" Mt 16, 24  Não existe Cristo sem cruz, portanto, não pode vocação haver continuidade de Cristo, verdadeira vocação sem o "tomar a cruz". Quer ser expressão da ação de Maria aos pés da cruz, o modelo de sequência vocacional, um fim de que todo vocacionado servo de cada homem, servo perfeito por amor, sacerdote da humanidade. Enviai, Senhor, operários para a vossa messe!"  Chama-me e me envia, Senhor!